Analisis Bioinformatika Gen Penyandi HalichondrinB Dari Bakteri Yang Berasosiasi Dengan Spons Laut Sebagai Kandidat Anti Kanker

Seprianto Seprianto, Febriana Dwi Wahyuni

Abstract


HalichondrinB merupakan suatu komplek polyether mocrolide yang disiolasi dari berbagai jenis spons laut terutama dari Halichondria sp. Senyawa ini memiliki efek antitumor yang kuat secara in vivo untuk penyakit melanoma dan leukemia. Tujuan dari penelitian ini untuk mendapatkan kandidat primer yang baik untuk mengamplifikasi gen penyandi senyawa HalichondrinB dari spons laut Halichondria sp. Analisis bioinformatika yang dilakukan dalam mendesain primer HalichondrinB, menggunakan beberapa perangkat lunak seperti, BLAST, Bioedit, UGENE, MEGA7 dan primer BLAST pada situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Sepuluh kandidat primer berhasil diperoleh berdasarkan sekuen gen analog Halichondrin B yang disejajarkan dengan sekuen genom Halichondria okadai. Terpilih satu primer yang dapat mewakili sekuen gen HalichondrinB dengan panjang produk 817 bp  dengan sekuen primer forward (HalF) 5’-ATTGCAGCCGATTGCAGATG-3’ dan primer reverse (HalR) 5’-AGGCACTAGCACCACAAAGG-3’. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan kemudahan dalam mengskrining senyawa bioaktif HalichondrinB sebagai kandidat anti kanker pada bakteri yang berasosiasi dengan spons serta menentukan sekuen DNA yang belum diketahui yang berfungsi untuk sintesis gen HalichondrinB yang ditargetkan.


Full Text:

PDF

References


Abe T, Sahin FP, Akiyama K, Naito T,Kishogami M, Miyamoto K, Sakakibara Y, Uemura D. 2014. Construction of a Metagenomic Library for the Marine Sponge Halichondria okadai. Bioscience, Biotechnology and Biochemistry, 76:4, 633-639, https://doi.org/10.1271/bbb.110533

Alluri N, Thameemulansari LH, Reddy CV. 2012. Cytotoxic activity of methanol and dichloromethane extracts soft Halicona spesies. IJPSR. Vol.3 (6) 1782 – 1784

Agoulnik S, Kuznetsov G and Littlefield BA. 2008. Tubulin Isotype Screening in Cancer Therapy using Halichondrin B. Patent: JP 2008522623-A 29

Borah P. 2011. Primer Designing for PCR. Science Vision, vol. 11(3):134-136

Claverie, JM. and C. Notredame. 2003. Bioinformatics For Dummies. 2nd ed. Wiley Publishing, Inc. New York. p10-68. p215-338.

Cragg GM, Newman DJ. 2004. Plants as a source of antiâ€cancer agents. J Ethnopharmacol. 100:72–79

Fawzya YN, Zilda DS, Seprianto, Prestisia HN, Lisdiyanti P, Khasanah N. 2016. Screening of indonesian streptomyces sp. Capable of Secreting transglutaminase (MTGase) and optimization Of mtgase production using different growth media. Squalen Bull. of Mar. and Fish. Postharvest and Biotech. e-ISSN: 2406-9272, 11 (1), 13-21. doi: http://dx.doi.org/10.15578/squalen.v11i1.195

Febriana dan Seprianto. 2018. Candida antarctica Lipase B Synthetic Gene:A Bioinformatics Analysis. Bioscience. Vol.(2):2, 1412-9760. Doi: 10.24036/0201822100216-0-00

Furuno M, Kasukawa T, Saito R, Adachi J, Suzuki H, Baldarelli R, Hayashizaki Y, and Okazaki Y. 2003. CDS Annotation in Full-Length cDNA Sequence. Genome Res. 13(6b): 1478–1487. doi: 10.1101/gr.1060303

Kintoko, Azimhato, Pihie HL. 2008. Morphological study on opoptoxcic HeLa cells induced by petroleum ether extraxct from leaves of phateria macrocorpa (Scheff). Proceeding of The International Seminaron Chemestry pp 299 ISBN 978 . 979. 18962.7

Kim H, Kim HJ, Jung YH, Yu C, Rock Y, Han D, Kang DW. 2017. The complete mitochondrial genome of sponge Halichondria okadai (Demospongiae, Suberitida, Halichondriidae) from Korea water. Mitochondrial Dna Part B: Resources.Vol. 2:2, 873–874 https://doi.org/10.1080/23802359.2017.1407693

Kjer J, Debbab A, Aly H, and Prokch P. 2010. Methods for isolation of marine – derived endophytic fungi and their bioactive secondary products. Nature protocols. 5(3): 479-490

Kumar S., Stecher G., and Tamura K. 2016. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution 33:187-1874

Lin, FM, Huang HD, Huang HY, and Horng JT. 2005. Primer design for multiplex PCR using a genetic algorithma. Conf. Genet. Evol. Comput. – GECCO 05, p. 475.

Mani S, Swami U. 2010. Eribulin mesilate, a Halichondrin B analogue, in the treatment of breast cancer. Drugs Today. 46, 641–653

Nursid M, Munifah I. dan Januar HI. 2005. Skrining senyawa bioaktif ekstrak metanol dari karang lunak Alcyonidae. J. Penel. Perikanan. Indo. 11(4): 33-38

Swami U, Shah U and Sanjay Goel. 2015. Eribulin in Cancer Treatment. Marine Drugs, 13. 5016-5058; ISSN:1660-3397 doi:10.3390/md13085016

Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. 2013. MEGA 6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol Biol Evol 30: 2725-2729.

Zhang D, And Son BW. 2007. Chemical studies on the bioactive metabolites from marine derived fungi MFB604 and MFC353. Natural Products Chemistry Laboratory. Pukyong National University. Busan, Korea


Refbacks

  • There are currently no refbacks.





Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

ISSN 2581-0014

published by:

Department of Biotechnology, Faculty of Health, Universitas Esa Unggul

Jalan Arjuna Utara No. 9, Kebon Jeruk, Jakarta Barat