Analisis Bioinformatika Gen Potensial Penyandi HalichondrinB Dari Spons Laut Sebagai Kandidat Anti Kanker

Abstract

HalichondrinB merupakan suatu komplek polyether mocrolide yang disiolasi dari berbagai jenis spons laut terutama dari Halichondria sp. Senyawa ini memiliki efek antitumor yang kuat secara in vivo untuk penyakit melanoma dan leukemia. Tujuan dari penelitian ini untuk mendapatkan kandidat primer yang baik untuk mengamplifikasi gen penyandi senyawa HalichondrinB dari spons laut Halichondria sp. Analisis bioinformatika yang dilakukan dalam mendesain primer HalichondrinB, menggunakan beberapa perangkat lunak seperti, BLAST, Bioedit, UGENE, MEGA7 dan primer BLAST pada situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Sepuluh kandidat primer berhasil diperoleh berdasarkan sekuen gen analog Halichondrin B yang disejajarkan dengan sekuen genom Halichondria okadai. Terpilih satu primer yang dapat mewakili sekuen gen HalichondrinB dengan panjang produk 817 bp  dengan sekuen primer forward (HalF) 5’-ATTGCAGCCGATTGCAGATG-3’ dan primer reverse (HalR) 5’-AGGCACTAGCACCACAAAGG-3’. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan kemudahan dalam mengskrining senyawa bioaktif HalichondrinB sebagai kandidat anti kanker pada bakteri yang berasosiasi dengan spons serta menentukan sekuen DNA yang belum diketahui yang berfungsi untuk sintesis gen HalichondrinB yang ditargetkan.