Gen L1 HPV 16 dan 18 Sebagai Dasar dalam Desain Primer untuk Deteksi Kanker Leher Rahim dengan In-house Multiplex PCR

Tazkia Ayu Safitri, Dessy NJ Patty, Henny Saraswati

Abstract


Kanker leher rahim merupakan penyakit kanker yang umumnya disebabkan oleh infeksi Human Papillomavirus (HPV) tipe 16 dan 18. Penyakit ini merupakan salah satu penyakit dengan tingkat kematian besar pada wanita di seluruh dunia. Pada HPV terdapat 2 protein kapsid, yaitu protein kapsid mayor (L1) dan minor (L2), dimana protein L1 terdapat pada permukaan virus dan berperan penting dalam infeksi virus ke epitel serviks sedangkan protein L2 berperan dalam stabilisasi kapsid. Terdapat variasi genetik hingga 10% pada gen L1 yang dapat digunakan untuk membedakan tipe HPV. Penelitian ini bertujuan untuk membuat desain primer yang sesuai untuk gen L1 untuk deteksi infeksi  HPV tipe 16 dan 18 menggunakan teknik In-house Multiplex Polymerase Chain Reaction (Multiplex PCR). Primer didesain menggunakan perangkat ‘Primer Blast’ yang ada di dalam website NCBI (National Center for Biotechnology Information) dan diuji spesifisitasnya dengan perangkat ‘Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)’. Beberapa kandidat primer yang didapatkan kemudian diseleksi kembali dengan beberapa kriteria, seperti suhu Tm, %GC serta self 3’complementary. Optimasi suhu annealing dilakukan dengan primer terpilih menggunakan sel HeLa. Hasil yang didapatkan memperlihatkan primer yang didesain spesifik mengenali HPV 16 dan 18 yang menginfeksi manusia. Selain itu, primer dapat digunakan dalam deteksi HPV 18 dengan metode multiplex PCR dengan suhu optimal 58,9°C.

Full Text:

PDF

References


D.G, Pradnyaniti. I.N, Wirajana. S.C, Yowani. Desain primer secara in silico untuk amplifikasi fragmen gen rpoB mycobacterium tuberculosis dengan polymerase chain reaction (PCR). Jurnal Farmasi Udayana. 2013

Pradita, Anandayu. Sahiratmadja, Edhyana. Suhandono, Sony. Susanto, Herman. Sekuens Gen Protein Kapsid Mayor L1 Human Papillomavirus 16 dari Isolat Klinik Asal Bandung. MKB, 46. 2014

Puspitasari, Agatha. Widodo. Konstruksi Protein Transcription Activator-like Effector (TALE) 1 dan 2 dengan Target Sekuen DNA strain HPV tipe 16 dan 18. Jurnal Biotropika, 3. 2014

Sasmito, Dinda. Kurniawan, Rahadian. Muhinnah, Izzati. Karakteristik Primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Sekuensing DNA: Mini Review. Seminar Nasional Informatika Medis (SNIMed). 2014. 94-97

Setiawati, Dewi. Human papilloma virus dan kanker serviks. Al Sihah: Public Health Science Journal, 6. 2014.

WHO. Human papillomavirus ( HPV ) and cervical cancer Key facts How HPV infection leads to cervical cancer. 2018.

Burd E. Human papillomavirus and cervical cancer. Clin Microbiol Rev [Internet]. 2003;16(1):1–17. Available from: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0140673607614160

Woodman CBJ, Collins SI, Young LS. The natural history of cervical HPV infection: Unresolved issues. Nat Rev Cancer. 2007;7(1):11–22.

World HPV Information Center. Human Papillomavirus and Related Diseases Report. HPV Inf Cent Rep. 2017;(Indonesia):60.

Pusat Data dan Informasi. Situasi Penyakit Kanker. Jakarta: Kementerian Kesehatan RI; 2015. 1-35 p.

Kemenkes RI. Panduan Penatalaksanaan Kanker serviks. Jakarta: Kemekes RI; 1-36 p.

Yip KW, Reed JC. Bcl-2 family proteins and cancer. Oncogene. 2008;27(50):6398–406.

Youle RJ, Strasser A. The BCL-2 protein family: Opposing activities that mediate cell death. Nat Rev Mol Cell Biol. 2008;9(1):47–59.

Eimani B., Sanati M., Houshmand M, Ataei M, Akbarian F, Shakhssalim N. Expression and Prognostic Significance of Bcl-2 and Bax in The Progression and Clinical Outcome of Translational Bladder Cell Carcinoma. Cell J. 2014;15(4):356–64.

Noordhuis MG, Eijsink JJH, Roossink F, De Graeff P, Pras E, Schuuring E, et al. Prognostic cell biological markers in cervical cancer patients primarily treated with (Chemo)radiation: A systematic review. Int J Radiat Oncol Biol Phys. 2011;79(2):325–34.

Yue Y, Yang H, Wu K, Yang L, Chen J, Huang X, et al. Genetic Variability in L1 and L2 Genes of HPV-16 and HPV-58 in Southwest China. PLoS One. 2013;8(1).

Abreu ALP, Souza RP, Gimenes F, Consolaro MEL. A review of methods for detect human Papillomavirus infection. Virol J [Internet]. 2012;9(1):1–9. Available from: http://dx.doi.org/10.1186/1743-422X-9-262

Xiao C-Y, Fu B-B, Li Z-Y, Mushtaq G, Kamal MA, Li J-H, et al. Observations on the expression of human papillomavirus major capsid protein in HeLa cells. Cancer Cell Int [Internet]. 2015;15(1):53. Available from: http://www.cancerci.com/content/15/1/53




DOI: https://doi.org/10.47007/ijobb.v2i2.5

Refbacks

  • There are currently no refbacks.



Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity

ISSN 2581-0014

published by:

Lembaga Penerbitan Universitas Esa Unggul

Jalan Arjuna Utara No. 9, Kebon Jeruk, Jakarta Barat